Ο Μέγας Φώτιος έζησε κατά τους χρόνους που βασίλευσαν οι αυτοκράτορες Μιχαήλ (842 - 867 μ.Χ.), υιός του Θεοφίλου, Βασίλειος Α' ο Μακεδών (867 - 886 μ.Χ.) και ο Λέων ΣΤ' ο Σοφός (886 - 912 μ.Χ.), υιός του Βασιλείου. Γεννήθηκε το 810 μ.Χ. στην Κωνσταντινούπολη από επιφανή οικογένεια, που αγωνίσθηκε για την τιμή και προσκύνηση των ιερών εικόνων ήταν δηλαδή εικονολάτρες.. Οι γονείς του, ο Άγιος Σέργιος και Ειρήνη και καταδιώχθηκαν επί του εικονομάχου αυτοκράτορα Θεοφίλου (829 - 842 μ.Χ.). Ο Άγιος Σέργιος ήταν αδελφός του Πατριάρχου Ταρασίου και διαπομπεύτηκε δεμένος από το λαιμό στους δρόμους της Κωνσταντινουπόλης, στερήθηκε την περιουσία του και εξορίσθηκε με την γυναίκα του και τα παιδιά του σε τόπο άνυδρο, όπου από τις ταλαιπωρίες πέθανε ως Ομολογητής.

Ο Μέγας Φώτιος στην αρχή της σταδιοδρομίας του ήταν λαικός και στρατιωτικός. Ήταν πολύ φιλομαθής και φιλόδοξος. Έτσι έλεγαν οι αντίπαλοί του και οπαδοί του Ιγναντίου, ΠΑτριάρχη πριν από τον Φώτιο.
Ο αυτοκράτορας Βάρδας το 857μ. χ που βασιλεύει αντί του μικρού ανηψιού του Μιχαήλ, εξορίζει τον Ιγνάντιο και κάνει πατριάρχη τον Φώτιο.
Γίνονται μεγάλες αναταραχές για αυτό και με την Δυτική εκκλησία και τον Πάπα.
Επί Φωτίου πάντως επικυρώνονται οι αποφάσεις της συνόδου περί λατρείας των εικόνων.
Ο Νικόλαος, πάπας της Ρώμης αφορίζει τον Φώτιο και εδώ είναι ηα ρχή του Σχίσματος Ανατολικής και Δυτικής εκκλησίας.

Τον Σεπτέμβριο του 867 ο Βασίλειος δολοφόνησε τον Μιχαήλ Γ΄και έμεινε μόνος αυτοκράτορας. Για να βασιλέψει απερίσπαστος και δεδομένου ότι οι Ιγνατιανοί αποτελούσαν την πλειονότητα και ήταν προστατευόμενοι και σύμμαχοι του πάπα, θυσίασε τον Φώτιο και επανήλθε στον πατριαρχικό θρόνο ο Ιγνάτιο.
Το 877 ο Ιγνάτιος πέθανε και σε τρεις μέρες ο Φώτιος ανεβαίνει στον πατριαρχικό θρόνο της Κωνσταντινούπολης. Αναγγέλει την επάνοδό του στον πάπα Ιωάννη Η΄ και του ζητά να στείλει εκπροσώπους του στην Κωνσταντινούπολης για να συμμετάσχουν σε σύνοδο που θα την επικύρωνε. Ο πάπας αναγνώρισε τον Φώτιο με τις απαντητικές του επιστολές και έστειλε τους εκπροσώπους.

Όταν ο Βασίλειος Α' πέθανε το 886, τον διαδέχτηκε ο γιος του Λέων ΣΤ'. Ένα από τα μέτρα του αυτοκράτορα ήταν να περιστοιχίζεται από πρόσωπα της εμπιστοσύνης του. Ένα από τα μέτρα ήταν και η εκ νέου απομάκρυνση του δασκάλου του Φωτίου από τον πατριαρχικό θρόνο. Στη θέση του τοποθετήθηκε ο ανήλικος αδελφός του αυτοκράτορα Στέφανος. Ο Φώτιος εξορίζεται, πιθανόν σε μονή της Αρμενίας, και τα ίχνη του χάνονται. Πιθανολογείται ότι απεβίωσε την 6 Φεβρουαρίου του 893.

Το ιερό σκήνωμα του Αγίου και Μεγάλου Φωτίου τοποθετήθηκε στην λεγόμενη μονή της Ερημίας ή Ηρεμίας, που ήταν κοντά στην Χαλκηδόνα.