Ο Άγιος Νικόδημος γεννήθηκε στη Νάξο το έτος 1749 μ.Χ. γονείς του είχε τον Αντώνιο και Αναστασία Καλλιβούρση. Το όνομά του ήταν Νικόλαος και από μικρός έδειχνε ότι ήταν ένας έξυπνος και καλός άνθρωπος. Τα πρώτα του γράμματα τα έμαθε στη Νάξο και έπειτα με δάσκαλο τον αδελφό του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού, Αρχιμανδρίτη Χρύσανθο, έμαθε περισσότερα. Μόλις 16 χρόνων πήγε στην Ελληνική σχολή της Σμύρνης.
Το 1775 μ.Χ. πήγε στο Άγιον Όρος. Εκεί, στη Μονή του Άγιου Διονυσίου έγινε μοναχός με το όνομα Νικόδημος. Οι Πατέρες της Μονής τον διόρισαν αναγνώστη και γραμματέα της Μονής. Κάποια στιγμή αποσύρθηκε σε κάποιο κελί, όπου με ασκητικό τρόπο, μελέτησε και συνέγραψε θεολογικά και αγιολογικά βιβλία. Μεταξύ αυτών είναι ο «Συναξαριστής», το «Εορτοδρόμιον», η «Νέα Κλίμακα», ο «Αόρατος Πόλεμος» και άλλα πολλά.

Τελικά μετά από διάφορες περιπέτειες, που υπέστη στη μικρή ζωή του, απεβίωσε από ημιπληγία, σε ηλικία 60 χρονών, τις πρωινές ώρες της 14ης Ιουλίου του έτους 1809 μ.Χ. στο κελλί των Σκουρταίων, στις Καρυές του Αγίου Όρους.
Ενταφιάστηκε στο Λαυριωτικό Κελί των Σκουρταίων στις Καρυαίς του Άγιου Όρους, αφήνοντας πίσω του ένα τεράστιο συγγραφικό έργο, που σήμερα αποτελεί κεφάλαιο για την Ορθόδοξης Εκκλησίας.

Η Εκκλησία μας από το έτος 1955 μ.Χ. τον κατέταξε στο Αγιολόγιο της.