Οι Άγιοι Ραφαήλ, Νικόλαος και Ειρήνη είναι σχετικά νέοι Άγιοι και μαρτύρησαν αμέσως μετά την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως. Λίγα πράγματα ξέρουμε για την ζωή τους.Μόλις το 1959 ανακαλύφθηκε ο τάφος τους με θαυματουργό τρόπο στη Θέρμη της Λέσβου.
Με συνεχή οράματα, αποκαλύφθηκε ότι ανήκε στον Άγιο Ιερομάρτυρα Ραφαήλ, ο οποίος μαρτύρησε μαζί με τον Άγιο Οσιομάρτυρα Νικόλαο και την Αγία Ειρήνη. Ο τάφος και το λείψανο του Αγίου Νικολάου ανακαλύφθηκε στις 13 Ιουνίου 1960.

Ο Άγιος Ραφαήλ καταγόταν από τους Μύλους της Ιθάκης και γεννήθηκε το έτος 1410 μ.Χ. Το όνομά του ήταν Γεώργιος Λάσκαρης ή Λασκαρίδης και ο πατέρας του λεγόταν Διονύσιος. Πριν γίνει κληρικός ήταν στρατιωτικός. Σε ηλικία τριάντα πέντε ετών γνώρισε έναν γέροντα ασκητή, τον Ιωάννη. Κάποια Χριστούγεννα ο γέροντας κατέβηκε από σπήλαιό του, για να εξομολογήσει και να κοινωνήσει τους στρατιώτες και κήρυξε τον λόγο του Θεού. Τότε ο αξιωματικός Γεώργιος, όταν ο γέροντας κατέβηκε πάλι τα Θεοφάνεια, αποχαιρέτισε τους στρατιώτες και τον ακολούθησε.

Πρώτα έγινε μοναχός, μετά χειροτονήθηκε πρεσβύτερος,κατόπιν αρχιμανδρίτης και του πρωτοσύγκελους. Ο Άγιος Ραφαήλ αποκάλυψε ότι εστάλει από τον Οικουμενικό Πατριάρχη στην Εσπερία, στην πόλη της Γαλλίας που ονομάζεται Μορλαί.
Αυτά όλα έγιναν λίγο πριν από την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως. Ακόμη είπε ότι κήρυξε τον λόγο του Ευαγγελίου στην Αθήνα, στο λόφο που είναι το μνημείο του Φιλοπάππου.

Λίγα χρόνια πριν από την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως, περί το έτος 1450 μ.Χ., ο Άγιος βρέθηκε μετά από περιπλανήσεις στην περιοχή της Μακεδονίας και μόναζε εκεί.
Κοντά στον Άγιο Ραφαήλ βρισκόταν εκείνο το διάστημα και ο Άγιος Νικόλαος. Ο Νικόλαος έγινε μοναχός και στη συνέχεια χειροτονήθηκε διάκονος.Λένε ότι ήταν θεσσαλονικεύς, αν και γεννήθηκε στους Ράγους της Μηδίας της Μικράς Ασίας.
Ωστόσο μεγάλωσε στη Θεσσαλονίκη.

Μόλις έπεσε η Κωνσταντινούπολη στα χέρια των Τούρκων, ο Άγιος Ραφαήλ με την συνοδεία του κατέφυγε από το λιμάνι της Αλεξανδρουπόλεως, στη Μυτιλήνη. Εκεί εγκαταστάθηκε μαζί με άλλους μοναχούς στην παλαιά μονή του Γενεσίου της Θεοτόκου, μιά γυναικεία μονή χτισμένη στο λόφο Καρυές, κοντά στο χωριό Θέρμη. Ηγούμενος της μονής έγινε ο Άγιος Ραφαήλ.

Το έτος 1463 μ.Χ., όμως η Λέσβος έπεσε στα χέρια των Τούρκων, οι οποίοι συνέλαβαν τον Άγιο Ραφαήλ και τον Άγιο Νικόλαο, τη Μεγάλη Πέμπτη του ιδίου έτους. Ακολούθησαν βασανιστήρια και ο Άγιος Ραφαήλ εσφάγγει με πολύ σκληρό τρόπο.

Ο Άγιος Νικόλαος πέθανε μετά από βασανισμούς, από ανακοπή καρδιάς, δεμένος σε ένα δένδρο.

Μαζί με τους Αγίους μαρτύρησε και η μόλις δώδεκα χρονών νεάνιδα Ειρήνη, θυγατέρα του Βασιλείου, προεστού της Θέρμης.
Οι Τούρκοι της έκοψαν το ένα χέρι και ακαμέσως μετά την έβαλαν σε ένα πιθάρι και την έκαψαν.

Έπειτα από θαυματουργικές υποδείξεις των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης, έγινε γνωστή η ύπαρξη των λειψάνων τους και υποδείχθηκαν τα σημεία όπου βρίσκονταν οι τάφοι τους.